رغم أن المتحف الجيولوجى الذى تم انشاءه عام 1901 يعتبر الأول من نوعه في مصر ومنطقة الشرق الأوسط ، الا انه يعتبر أحد المتاحف المنسية على أرض مصر و البعيدة عن الأضواء، ليتجاوز عمره المائة عام في صمت تام.
ويتبع المتحف الهيئة العامة للمساحة الجيولوجية التى أنشئت سنة 1896، والتى كان الغرض من إنشائها دراسة كل أنواع الصخور والتربة بالأراضى المصرية والرواسب المعدنية وغيرها مما له قيمة اقتصادية بالأراضي المصرية. وتم انشاء المتحف الجيولوجي المصري في عام 1901 كأحد أقسام المساحة الجيولوجية داخل حديقة وزارة الأشغال وافتتح للجمهور في الأول من ديسمبر عام 1904 حيث ضم حفريات لحيوانات فقارية و ثديية جمعت من محافظة الفيوم عام 1898 .
وكان أول أمين للمتحف هو تشارلز وليم أندروز (1904)، ثم تبعه هنري أوربورن (1906)، بينما كان الدكتور حسن صادق هو أول أمين مصرى للمتحف ، واحتفل المتحف باليوبيل الماسي عام 1979 حيث صدر طابع بريد تذكارى بهذه المناسبة، لكن تقرر في العام التالى 1980 هدم المبنى نتيجة لإنشاء مترو الأنفاق ونقلت محتويات المتحف إلى موقعه الحالي – المؤقت بمنطقة أثر النبى على كورنيش النيل.
ويوجد بالمتحف العديد من الحفريات الفقارية علاوة على هيكل عظمي كامل لحوت من نفس النوع الذى تم اكتشافه سنة 1901 بواسطة العالم الإنجليزي بيدنل، إضافة الى اكتشاف العالم جورج شفينفورث عام 1879 عن أول عظام متحجرة في بحيرة قارون بالفيوم.
وعرضت أول حفرية اكتشفت بالكامل بصالة الحفريات الفقارية بالمتحف الجيولوجي المصري، علاوة على هيكل عظمي كامل لحوت من نفس النوع تم اكتشافه سنة 1901 بواسطة العالم الإنجليزى بيدنل وعرفها العالم الإنجليزي أندروز. يضم المتحف 6 إدارات وبعض المعامل للحفريات والمعادن، ويعتبر معمل الحفريات -وخاصة الفقارية- من المعامل النادرة والفريدة على مستوى المنطقة العربية.
وتوزع المقتنيات بصالات العرض بالمتحف، وتعرض بأحدث الطرق العلمية ويشرف عليها مجموعة متميزة من الجيولوجيين الأكفاء ، وهى صالة عرض المعادن والصخور, ويعرض فيها مجموعة كبيرة ومتميزة من المعادن والخامات المعدنية بمصر, مرتبة ومصنفة وفقا لأحدث التقسيمات، ومن المعروضات بالصالة مجموعة من الأحجار الكريمة,ومجموعة من الكهرمان والأصداف المشغولة والخاصة بالأسرة الملكية السابقة ومجموعات مهداة من الياقوت والسافير الطبيعي والصناعى.
ويوجد صالة للحفريات الفقارية، وتعرض فيها الحفريات الفقارية التى عاشت في الأزمنة الجيولوجية المختلفة، ومن أبرزها مجموعة من حفريات الحيوانات الفقارية التي تتميز بها منطقة الفيوم.
