يقع قصر الجوهرة فى الطرف الجنوبي الغربي للساحة الملكية أو الحوش السلطاني . ولقد تعرض هذا القصر أكثر من مرة للحريق فى حياة محمد على باشا نفسه وأعيد بناءه و احترق للمرة الثالثة عام 1972 حيث قامت هيئة الأثار بوضع خطة لإعادة القصر إلى ما كان عليه سواء من الناحية المعمارية أو الفنية بما يحتويه من نقوش وزخارف وأثاث وتحف لافتتاحه كمتحف يعرض بعضا من تاريخ أسرة محمد على باشا .
وقد تم إضافة قاعات جديدة للعرض هى قاعة كسوة الكعبة الشريفة
كما أضيفت أيضا قاعة الكوشة وبها كوشة زفاف الملك فاروق الأول على الملكة فريدة ، كما خصص المتحف لعرض التحف الزجاجية من فازات والتحف المعدنية من ساعات أثرية نادرة ونرجليات وشمعدانات كما ألحق أيضا بالقصر كرسي العرش الذى كان يجلس عليه محمد على باشا ، و كذلك حجرة نوم الإمبراطورة أوجيني زوجة نابليون الثالث التى زارت مصر فى عهد الخديوى إسماعيل عند افتتاح قناة السويس و التي تعاني للاسف من اهمال شديد.
